WEP公司 swMATH ID: 41456 软件作者： M.D'Antonio、P.D.De Meo、D.Paoletti、B.Elmi、M.Pallocca、N.Sanna、E.Picardi、G.Pesole和T.Castrignao 描述： WEP：用于全套数据的高性能分析管道。结果：我们的网络资源WEP（Whole Exome sequencing Pipeline网络工具）执行完整的WES管道，并通过接口轻松访问中间和最终结果。WEP管道由几个步骤组成：1）验证输入完整性和质量检查，读取修剪和过滤；2） 间隙对准；3） BAM转换、排序和索引；4） 重复消除；5） 围绕插入/删除（indel）位置的对齐优化；6） 重新校准质量分数；7） 单核苷酸和缺失/插入多态性（SNP和DIP）变异调用；8） 变体注释；9） 结果存储到自定义数据库中，以允许交叉链接、交叉、统计等。为了克服管理大量数据的挑战并最大限度地利用从中提取的生物信息，我们的工具通过可定制的阈值限制最终结果过滤数据的数量，从而便于识别功能重要的变体。在分析计算完成时还提供了默认阈值，并与近年来最常见的文献工作进行了调整。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3633005/ 相关软件： 塔维纳;码头工人;关贸总公司;科学物理;RAxML公司;斯威夫特;阿帕奇火花;MAFFT公司;佩加索斯;生物工作台 引用于： 0个文档