格拉姆加波伊

glmGamPoi:在单细胞计数数据上拟合Gamma-Poisson广义线性模型。动机:Gamma-Poisson分布是单细胞RNA测序计数抽样变异性的理论和实证模型,也是包括差异表达分析、主成分分析和因子分析在内的分析方法的基本组成部分。现有的从数据中推断其参数的实现常常难以处理单个单元数据集的大小,而单单元数据集可以包含数百万个单元;同时,他们没有充分利用零和其他小数字在数据中频繁出现的事实。这些局限性阻碍了模型的应用,为统计上较差的方法留下了空间,如对数(-like)变换。结果:与现有方法相比,我们提出了一种新的R包来拟合具有现代单细胞数据集特征的Gamma-Poisson分布。该软件可以处理磁盘上的数据,而不必同时将它们加载到RAM中。可用性和实现:glmGamPoi包可从Bioconductor for Windows、macOS和Linux获得,源代码可在github上获得。com/const ae/glmGamPoi根据GPL-3许可证。可以在github.com/const-ae/glmGamPoi-paper上找到重现本文结果的脚本。

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  1. 雷子昂:基于泊松方程的动画图像三维重建方法(2021)