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NetPyNE公司

swMATH标识: 41314
软件作者: 罗马罗,塞西莉亚;纳吉曼,费尔南多·阿劳霍;威廉W.莱顿。;罗克,安东尼奥·C。;杜拉·伯纳尔,萨尔瓦多
说明: Potjans-Diesmann皮层微电路模型的NetPyNE实现和缩放。Potjans-Diesmann皮层微电路模型是一个广泛使用的模型,最初在NEST中实现。在这里,我们使用NetPyNE重新实现了模型,NetPyNE是神经元模拟器的高级Python接口,并复制了原始出版物的发现。我们还实现了一种扩展网络规模的方法,该方法保留了一阶和二阶统计量,建立在现有网络理论的基础上。我们的新实现使我们能够使用更详细的神经元模型和多个生物物理真实的离子通道。这为新的研究开辟了新的研究领域,包括树枝状加工、单个通道参数的影响、与局部场电位的关系以及其他多尺度相互作用的研究。当运行这些CPU密集型详细模拟时,我们使用的缩放方法提供了根据需要增加或减少网络大小的灵活性。最后,NetPyNE使用其声明性语言方便地修改或扩展模型;优化模型参数;运行高效的大规模并行仿真;并通过内建方法对模型进行分析,包括局部场强计算和信息流度量。
主页: https://arxiv.org/abs/2005.03764
相关软件: ;蟒蛇;神经元
参考文献: 2个出版物

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