拓扑网络 swMATH ID: 41013 软件作者： 仓子轩、魏国伟 描述： 拓扑网络：用于生物分子性质预测的基于拓扑的深度卷积神经网络。尽管深度学习方法在图像、视频和音频处理、计算机视觉和语音识别方面取得了巨大成功，但其在三维生物分子结构数据集中的应用受到了几何复杂性和生物复杂性的阻碍。我们引入拓扑学，即元素特异性持久同源性（ESPH），以解开几何复杂性和生物复杂性的关系。ESPH通过一维（1D）拓扑不变量表示三维复杂几何体，并通过多通道图像表示保留重要的生物信息。它能够揭示生物分子中隐藏的结构-功能关系。我们进一步将ESPH和卷积神经网络集成，构建了一个多通道拓扑神经网络（TopologyNet），用于预测突变后的蛋白质-配体结合亲和力和蛋白质稳定性变化。为了克服小训练集和噪声训练集对深度学习的限制，我们提出了一种多任务拓扑卷积神经网络（MT-TCNN）。我们证明，在预测蛋白质-糖基结合亲和力、球状蛋白突变影响和膜蛋白突变影响方面，目前的拓扑网络结构优于其他最先进的方法。 主页： https://arxiv.org/abs/1704.00063 相关软件： 裂土器;持久性图像;时差;狄奥尼索斯;叫做古迪辛;github;javaPlex公司;爱马仕;AGL评分;j孔;查姆;PHAT公司;持久性环境;CliqueTop（单击顶部）;珀尔修斯;SW1条款;打开巴别塔;mCSM公司;Rdkit公司;爆炸 引用于： 11文件 全部的 前5名被21位作者引用 9 魏国伟 4 吴杰 三 陈家辉 三 童一英 三 夏，科林 三 赵润东 2 仓、子轩 1 大卫·布拉默 1 陈，董 1 杰琳娜·格里比奇 1 刘健 1 伊丽莎白·蒙克 1 卡提基安·内特桑·拉马默西 1 任石泉 1 艾米丽·里班多·格罗斯 1 阿尼鲁德·索姆 1 帕万·图拉加（Pavan K.Turaga）。 1 王梦伦 1 王瑞 1 吴成元 1 Youu，Stephen Shing-Toung先生 全部的 前5名8篇连载文章中引用 三 数据科学基础 1 休斯顿数学杂志 1 数学生物学通报 1 数学学报。英语系列 1 离散和连续动力系统。B系列 1 应用与计算拓扑杂志 1 计算和数学生物物理 1 SIAM数据科学数学杂志 全部的 前5名11个领域引用 9 代数拓扑（55-XX） 6 生物学和其他自然科学（92-XX） 4 统计学（62-XX） 2 组合数学（05-XX） 2 范畴理论；同调代数（18-XX） 2 微分几何（53至XX） 2 流形和细胞复合体（57至XX） 1 代数几何（14-XX） 1 动力系统和遍历理论（37至XX） 1 一般拓扑结构（54至XX） 1 整体分析，流形分析（58至XX） 按年份列出的引文