RESCOT公司 swMATH ID: 40497 软件作者： 徐鹏浩；弗朗西丝卡·斯托里奇 描述： RESCOT：限制性内切酶集和组合优化工具，用于rNMP捕获技术。核糖核苷单磷酸（rNMP）在基因组DNA中的掺入是许多物种中常见的现象，通常与基因组不稳定和疾病有关。核糖序列技术是为数不多的捕获和绘制基因组DNA中嵌入的rNMP的技术之一。核糖序列的第一步是限制性内切酶（RE）片段化，它将基因组切割成较小的片段，以便随后捕获rNMP。在rNMP捕获技术的第一步中，为基因组DNA片段化选择的RE决定了可以捕获rNMP的基因组区域。在这里，我们设计了一种计算方法，即限制性内切酶集和组合优化工具（RESCOT），来计算给定RE集的rNMP捕获区域的基因组覆盖率，并优化RE集以显著增加rNMP捕获区域的覆盖率。对应用RESCOT工具的核糖序列文库的分析表明，许多rNMP被捕获到预期的基因组区域。由于不同的rNMP-mapping技术利用了基于协议中DNA片段大小选择的RE片段和纯化步骤，因此我们讨论了RESCOT在其他rNMP-mapping技术中的可能用途。总之，RESCOT为许多rNMP捕获技术的片段化步骤生成优化的RE集，以最大化rNMP的捕获率，从而使研究人员能够更好地研究rNMP合并的特征。 主页： https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0304397521004655 关键词： rNMP公司;DNA中的核糖核苷酸;限制性内切酶;优化;核糖序列;下一代测序;rNMP捕获技术 相关软件： 核糖seq;内布克特 引用于： 1文件 标准条款 1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份 RESCOT：限制性内切酶集和组合优化工具，用于rNMP捕获技术。 Zbl 1518.92069号徐鹏浩;弗朗西丝卡·斯托里奇 2021 2位作者引用 1 弗朗西丝卡·斯托里奇 1 徐鹏浩 连载1篇 1 理论计算机科学 在1个字段中引用 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文