深度4mC swMATH ID: 40057 软件作者： 徐浩东、贾培林、赵忠明 描述： Deep4mC：通过深度学习对DNA N4-甲基胞嘧啶位点进行系统评估和计算预测。DNA N4-甲基胞嘧啶（4mC）修饰代表了一种新的表观遗传调控。它涉及各种细胞过程，包括DNA复制、细胞周期和基因表达等。除了对4mC位点进行实验性鉴定外，基因组中4mC位点的电子预测已成为一种有前途的替代方法。在本研究中，我们首先回顾了4mC位点计算预测的最新进展，并系统地评估了八种传统机器学习算法以及六个物种先前研究中常用的12种特征类型的预测能力。使用一个具有代表性的基准数据集，我们研究了特征选择和堆叠方法对模型构建的贡献，发现特征优化和适当的强化学习可以提高性能。接下来，我们回顾了六个物种基因组中新增的4mC位点，并开发了一种基于深度学习的新型4mC位点预测工具，即Deep4mC。Deep4mC采用具有四个代表性特征的卷积神经网络。对于样本数较少的物种，我们使用自举方法扩展了我们的深度学习框架。我们的评估表明，Deep4mC可以获得高精度和稳健的性能，所有物种的平均曲线下面积（AUC）值均大于0.9（范围：0.9005–0.9722）。相比之下，Deep4mC的AUC值从10.14提高到46.21 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8138820/ 相关软件： BioSeq分析；国际MRM；i4mC鼠标；XG-PseU公司；DNA4mC-LIP公司；4mC红色；靶向抗Angio；DeepTorrent深激流；ACP红色；型号_4mc；github；国际BLP；iDNA-MS公司；PSAC公司；折叠Rec-C2C；iTerm-PseKNC；RAAC手册；Raac徽标；iCircDA-MF公司；Meta-iPVP公司 引用于： 1文件 全部的 前5名8位作者引用 1 曹仁智 1 丁慧 1 法尔瓦·哈桑 1 基尔·希佩 1 卡桑德拉·亨特 1 汗、里达·萨瓦尔 1 宋晓明 1 哈桑·祖勒菲卡尔 连载1篇 1 数学生物科学与工程 在2个字段中引用 1 计算机科学（68至XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文