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4mC红色

swMATH ID: 40015
软件作者: 何文英、贾苍枝、邹泉
说明: 4mCPred:用于DNA N4-甲基胞嘧啶位点预测的机器学习方法。动机:N4-甲基胞嘧啶(4mC)是由特定甲基转移酶作用形成的一种重要的表观遗传修饰,在DNA修复、表达和复制中发挥重要作用。准确识别4mC位点有助于深入研究生物功能和机制。因为,对4mC位点的实验鉴定既耗时又昂贵,特别是考虑到基因序列的快速积累。迫切需要补充有效的计算方法。结果:在本研究中,我们开发了一种新的工具,4mCPred,用于预测秀丽隐杆线虫、黑腹果蝇、拟南芥、大肠杆菌、地下地碱杆菌和皮克林地杆菌中的4mC位点。4mCPred由两个独立的模型组成,每个物种的4mCPred_I和4mCPred_II。独立和跨物种测试的预测结果表明,4mCPred_I的性能是一个有用的工具。为了确定位置特异性三核苷酸倾向(PSTNP)和电子-离子相互作用势特征,我们使用F-score方法构建预测模型并比较其PSTNP特征。与其他现有预测因子相比,4mCPred在严格的折刀试验和独立试验中取得了更高的精度。我们还详细分析了不同功能的重要性。可用性和实施:可通过以下网址访问web服务器4mCPredhttp://server.malab.cn/4mCPred/index.jsp。
主页: https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/4/593/5059494
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