BMC公司 swMATH ID: 39888 软件作者： 克里斯托夫·纽；巴沙尔·易卜拉欣；彼得·迪特里克 描述： 二进制分子编码（BMC）。大型代谢网络中的分子代码。我们提供了一种识别大型反应网络中分子密码的方法。该方法利用了构成代数格的物种闭集的特殊代数性质。在第一步中，通过移除未连接的子网络和合并对来减少网络，这两种方法都保留了分子代码的属性。然后对连接的和闭合的子网络进行采样，然后使用经过记忆改进的确定性算法分别对每个子网络进行分子代码分析。因此，可以轻松利用并行计算环境。我们将我们的方法应用于包含485个物种和554个反应的幽门螺杆菌大规模代谢网络模型。已发现421个独特的分子密码。这些密码中绝大多数包含至少一种普遍存在的物种，如质子或水。过滤分子代码时，如果在关键位置（如符号、意义或中间物种）没有这些物种，则可将识别代码的数量减少到仅22个。细胞是否利用这些代码来处理“有意义的”信息，目前尚不清楚。所有提供的数据和新算法的源代码均可下载。 主页： https://match.pmf.kg.ac.rs/electronic_versions/Match80/n3/match80n3_587-604.pdf 源代码： https://github.com/biosystemsananalysis/match2018 相关软件： KEGG公司；libSBML（库SBML） 引用于： 1文件 标准条款 1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份 大型代谢网络中的分子代码。 Zbl 1468.92038号克里斯托夫·纽；巴沙尔·易卜拉欣；彼得·迪特里克 2018 3位作者引用 1 彼得·迪特里克 1 巴沙尔·易卜拉欣 1 克里斯托夫·纽 连载1篇 1 MATCH-数学和计算机化学通信 在1个字段中引用 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文