treeOclock树 swMATH ID: 38936 软件作者： 科利恩，莉娜；亚历克斯·加夫柳什金 描述： treeOclock：使用论文中的算法FINDPATH计算RNNI距离的代码：计算排序的系统发育树之间的最近邻交换距离。许多流行的叶标记（系统发育）树空间搜索算法都基于树重排操作。在任何这样的操作下，问题都归结为搜索一个图，其中顶点是树，（无向）边是由通过一个重排操作（有时称为移动）连接的树对给出的。最受欢迎的是经典的最近邻交换、子树修剪和再生以及树平分和重新连接移动。然而，计算距离的问题在每一张图中都很难解决，这使得树推理和比较算法在实践中的设计具有挑战性。尽管anked系统发育树是癌症研究、免疫学和流行病学等应用领域的中心研究对象之一，但这些树的最短路径问题的计算复杂性几十年来仍未得到解决。在本文中，我们通过建立复杂性取决于两种树重排（秩移动和边移动）之间的权重差来解决排序最近邻交换操作的这个问题，并且从这个问题的最低复杂性的二次方到（mathbf{NP}）-硬，这是最高的。特别是，我们的结果提供了系统发育树重排操作的第一个示例，可以有效地计算最短路径和距离。具体来说，我们的算法可以扩展到具有数万片叶子的树（如果有效实现的话，可能会有数十万片叶子）。 主页： https://link.springer.com/content/pdf/10.1007/s00285-021-01567-5.pdf 源代码： https://github.com/bioDS/treeOclock 相关软件： github;贝叶斯先生;野兽;快速树;星熊2;RAxML-NG公司;SPR超级树;rSPR;PhyML（物理建模语言）;MEGA公司;RAxML公司 引用于： 3文件 标准条款 1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份 计算排序的系统发育树之间的最近邻交换距离。 Zbl 1511.92043号莉娜·科利恩;亚历克斯·加夫柳什金 2021 全部的 前5名6位作者引用 三 莉娜·科利恩 三 亚历克斯·加夫柳什金 1 大卫·布莱恩特 1 基兰·埃尔姆斯 1 马雷克·菲舍尔 1 克里斯·惠登 2篇连载文章中引用 2 数学生物学杂志 1 数学生物学通报 在3个字段中引用 三 生物学和其他自然科学（92-XX） 2 组合数学（05-XX） 2 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文