壁画 swMATH ID: 38867 软件作者： Wandelt，S。；Leser，美国。 描述： FRESCO：高度相似序列的参考压缩。在许多应用中，相似文本或序列的集合非常重要。突出的例子是文件或基因组序列的修订历史。现代高通量测序技术能够以越来越快的速度生成DNA序列。在减少生产DNA序列所需的实验时间和成本的同时，对序列分析和存储的计算需求也急剧增加。压缩是应对这一挑战的关键技术。最近，参考压缩方案在这个领域引起了很大的兴趣，它只存储待压缩输入和已知参考序列之间的差异。在本文中，我们提出了一个通用的开源框架来压缩大量生物序列数据，称为FRESCO，参考序列压缩框架。我们的基本压缩算法比类似的相关工作快1-2个数量级，同时实现了类似的压缩比。我们还提出了几种技术来进一步提高压缩比，同时保持速度上的优势：1）选择一个好的参考序列，2）重写参考序列以实现更好的压缩。此外，我们提出了一种新的方法，通过将参考压缩应用于已经参考压缩的文件（二阶压缩）来进一步提高压缩比。这种技术允许压缩比远远超过最先进的技术，例如，人类基因组的压缩比为4000:1或更高。我们在来自三个不同物种（超过1000个基因组，超过3TB）的大型数据集和维基百科页面的一系列版本上评估我们的算法。我们的结果表明，在现代硬件上，以高压缩比实时压缩高度相似的序列是可能的。 主页： http://m3nets.de/publications/TCBB2013.pdf 源代码： https://github.com/hubsw/FRESCO网站 相关软件： github；Z标准；布罗特利；libdivsufsort公司；r指数；LZ77型 引用于： 1文件 4位作者引用 1 德米特里·科索洛波夫 1 冈萨洛·纳瓦罗 1 西蒙·普格利西。 1 丹尼尔·瓦伦苏埃拉 连载1篇 1 算法 在1个字段中引用 1 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文