BAMSE公司 swMATH ID: 38605 软件作者： Toosi H.、Moeini A.、Hajirasouliha I。 描述： BAMSE：多样本肿瘤系统发育推断的贝叶斯模型选择。背景：众所周知，肿瘤内部异质性与肿瘤复杂性和耐药性有关。了解不同亚克隆的数量以及它们之间的进化关系在科学和临床上都非常重要，而且仍然是一个具有挑战性的问题。结果：在本文中，我们提出了一种新的概率方法BAMSE（BAyesian Model Selection for tumor Evolution），用于推断异质肿瘤样本的亚克隆历史和谱系树重建。BAMSE使用体细胞突变读取计数作为输入，可以准确有效地利用多个肿瘤样本。在第一步中，对可能的亚克隆突变簇进行评分，并选择用户定义的数量进行进一步分析。在下一步中，对于每个候选，将生成一个树列表，描述子克隆之间的进化关系。这些树是按后验概率排序的。使用贝叶斯模型计算后验概率，该模型集成了关于亚克隆数量、肿瘤组成和亚克隆进化过程的先验信念。BAMSE还考虑了排序错误。我们使用模拟数据集对BAMSE和最先进的软件进行了基准测试。结论：在这项工作中，我们开发了一个灵活快速的软件，利用多个样本的体细胞突变读取计数来重建肿瘤的亚克隆进化史。BAMSE软件是用Python实现的，可以在GNU GLPv3下的https://github.com/HoseinT/BAMSE。 主页： https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-019-2824-3 源代码： https://github.com/HoseinT/BAMSE 相关软件： AlexNet公司；风扇；贝叶斯派；Matlab公司；张量流量.jl；动态链接库；多元统计.jl；图像项目几何.jl；最近邻居.jl；PRMLT公司；金属头.jl；LightNLP.jl公司；毛茸茸的；林沃；千帕x3；pyG群集；Gmm流量.jl；经验SN；LIBSVM.jl银行；英国标准协会 引用于： 1文件 全部的 前5名6位作者引用 1 萨尔瓦多科莫 1 高、开封 1 泽南·霍 1 梅，刚 1 弗朗西斯科·皮夏利 1 屠敬之 连载1篇 1 计算机科学评论 在1个字段中引用 1 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文