壁画 swMATH ID: 37900 软件作者： Sealfon RS、Lin MF、Jungreis I、Wolf MY、Kellis M、Sabeti PC 描述： FRESCo：在不同病毒中发现过度同义限制区域。结果：我们开发了一个基于系统发育密码子模型的框架FRESCo，旨在通过短而深的比对找到过度同义限制的区域，例如跨多个测序菌株的单个病毒基因。我们在模拟数据上证明了我们的方法的高度特异性，并将我们的框架应用于具有不同基因组结构的大约30种不同病毒的蛋白质编码区。结论：FRESCo在乙型肝炎病毒、脊髓灰质炎病毒和西尼罗河病毒等特征明确的病毒中恢复了已知的多功能区域，通常以单密码子分辨率进行，并预测了许多新的功能元件与病毒基因重叠，包括拉萨病毒和埃博拉病毒。在许多病毒中，我们确定的同义限制区也显示出保守、稳定的预测RNA结构，包括多种病毒中假定的新成分。 主页： https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-015-0603-7 相关软件： 外部斜坡;TTA猞猁;大坝7;CodonW公司;密码物理ML;ntCard公司;敏锐;潘美;密码测试;ALF公司;xREI公司;RevTrans公司;MACSE公司;简易代码ML;标准AIcalc;GCUA公司;CAIcal公司;INCA公司;框架图;四 引用于： 1文件 2位作者引用 1 玛丽亚·安尼西莫娃 1 博丹奥斯塔什 0连载引用 在1个字段中引用 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文