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Readjoiner:一个快速和内存高效的基于字符串图的序列汇编程序。背景:下一代测序技术的吞吐量不断提高,这对当前一代从头测序汇编程序提出了挑战。最新的序列汇编器都是基于de Bruijn图的构造。另一个越来越受关注的框架是汇编字符串图,它不需要将读取划分为k-mer,但需要快速算法来计算所有读对之间的后缀前缀匹配。结果:在这里,我们提出了从一组序列读取构造字符串图的有效方法。我们的方法使用后缀排序和扫描方法来计算后缀前缀匹配。在该过程中,可传递边被识别和消除,并且只包含不可约边,有效地构造了图。结论:在Readjoiner软件包中实现了后缀前缀匹配判定和字符串图构造算法。与现有的基于字符串图的汇编程序的比较表明,Readjoiner速度更快,空间利用率更高。Readjoiner在http://www.zbh.uni-hamburg.de/readjoiner。