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GW-SEM公司

swMATH ID: 37731
软件作者: Verhulst B、Maes HH、Neale MC
描述: GW-SEM:进行全基因组结构方程建模的统计软件包。通过使用先进的心理测量工具提高表型分析的准确性,将增强发现与遗传变异显著关联的能力,并扩大可在全基因组范围内测试的可能假设范围。多变量方法,如结构方程建模(SEM),在精神病和物质使用表型的表型分析中很有价值,但这些方法尚未整合到标准的全基因组关联分析中,因为在每个单核苷酸多态性(SNP)处拟合SEM迄今为止,人们认为基因组的计算要求太高。通过开发一种能够有效适应SEM的方法,可以扩展可测试的模型集。这在精神和行为遗传学中尤其必要,因为统计方法经常受到随机方差大分量表型的阻碍。由于全基因组扫描产生的大量数据,用于分析数据的统计方法相对初级,与丰富的理论发展不直接对应,并且缺乏检验关于共病特征的测量和相互作用的更复杂假设的潜力。在本文中,我们提出了一种方法,在全基因组的基础上,使用四种常见SEMs的对角加权最小二乘(DWLS)估计器来测试SNP与多种表型或潜在构建体的关联:单因素模型、单因素残差模型、双因素模型和潜在增长模型。我们证明了DWLS参数和p值与更传统的全信息最大似然参数和p-值强烈对应。我们还介绍了模拟和功率分析的时间安排,以及与现有的多变量GWAS软件包的比较。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5423544/
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