氢气

H2r:通过基于熵的多序列比对分析来识别进化重要残基。背景:蛋白质的多序列比对(MSA)可用于通过单柱的统计分析来表征残基。除了个别位置的检查,氨基酸频率的共变异的研究提供了对蛋白质和残基的功能和进化的见解。结果:我们引入了conn(k),一个新的表征单个残基的参数。对于每个残基k,conn(k)是协同进化的最极端信号数。这些信号是从计算所有对残基k,l的归一化互信息(MI)值U(k,l)推导出来的。我们证明conn(k)是一个比单个MI值更可靠的指示剂,用于预测对蛋白质进化最重要的残基。这个命题是用统计学方法推断出来的。通过对几种蛋白质的分析进一步证实了这一点。计算conn(k)值的服务器位于http://www-bioinf.uni-regensburg.de。结论:H2r算法分析MSAs并计算conn(k)值,具有一类特殊的残基特征。与严格保守的残基相比,这些残基在侧链的组成上具有一定的灵活性。然而,如conn(k)所示,他们的分配与其他几个头寸保持合理的平衡。

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