PEtab公司 swMATH ID: 36544 软件作者： 莱昂纳德·施密斯特、扬尼克·舒尔特、弗兰克·T·伯格曼、塔西奥·坎巴、埃里卡·杜德金、珍妮·埃格特、法比安·弗莱里奇、劳拉·富尔曼、阿德里安·豪伯、斯文加·凯默、波琳娜·拉克里森科、卡罗琳·卢斯、西蒙·默克特、沃尔夫冈·穆勒、迪兰·帕希拉纳、埃尔巴·雷蒙德斯、卢卡斯·雷菲施、马库斯·罗森布拉特、保罗·斯塔波尔、菲利普·施塔特、丹东·王，弗兰兹·乔治·维兰德（Franz-Georg Wieland）、朱利奥·班加（Julio R.Banga）、延斯·蒂默（Jens Timmer 描述： PEtab-系统生物学中参数估计问题的互操作规范。基于数据的建模研究结果的再现性和重用性至关重要。然而，到目前为止，还没有广泛支持的格式来规范系统生物学中的参数估计问题。在这里，我们介绍了PEtab，这是一种便于使用系统生物学标记语言（SBML）模型规范参数估计问题的格式，以及一组描述观测模型和实验数据以及待估计参数的tab分隔值文件。我们已经在八个成熟的模型仿真和参数估计工具箱中实现了PEtab支持，总共有数百个用户。我们提供了一个Python库，用于验证和修改PEtab问题以及基于最近研究的当前20个参数估计问题示例。PEtab规范、PEtab Python库、示例链接以及所有支持的软件工具都可以在此https URL上获得，快照可以在此httpsURL上获得。所有原始内容都可以在许可证下获得。 主页： https://petab.readthedocs.io/en/stable/ 源代码： https://github.com/PEtab-dev/PEtab 依赖项： 蟒蛇 关键词： 定量方法;arXiv_q-bio.QM;蟒蛇;参数估计;SBML公司;系统生物学 相关软件： 数据2Dynamics;科帕西;阿米戈;皮佩斯托;锑;蟒蛇;PyBioNet适配;香蒜酱;AMICI公司;ScrumPy（滚动复制）;莫卡辛;简单SBML;libSBML（库SBML）;山药2sbml;短语SED-ML;碲;CellML手机;MEIGO公司;生物净发电;对 引用于： 1文件 标准条款 1出版物描述软件 年份 PEtab-系统生物学中参数估计问题的互操作规范arXiv公司莱昂纳德·施密斯特、扬尼克·舒尔特、弗兰克·T·伯格曼、塔西奥·坎巴、埃里卡·杜德金、珍妮·埃格特、法比安·弗莱里奇、劳拉·富尔曼、阿德里安·豪伯、斯文加·凯默、波琳娜·拉克里森科、卡罗琳·卢斯、西蒙·默克特、沃尔夫冈·穆勒、迪兰·帕希拉纳、埃尔巴·雷蒙德斯、卢卡斯·雷菲施、马库斯·罗森布拉特、保罗·斯塔波尔、菲利普·施塔特、丹东·王，Franz-Georg Wieland、Julio R.Banga、Jens Timmer、Alejandro F.Villaverde、Sven Sahle、Clemens Kreutz、Jan Hasenauer、Daniel Weindl 2020 3位作者引用 1 Hasenauer，Jan哈森诺尔 1 莱昂纳德·施密斯特 1 丹尼尔·温德尔 连载1篇 1 数学生物学杂志 在2个字段中引用 1 动力学系统与遍历理论（37至XX） 1 数值分析（65-XX） 按年份列出的引文