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科莫德

swMATH标识: 36145
软件作者: 凯尔斯,桑杜兹;范德兰,马克L。;Dudoit,Sandrine;兴、彪;艾森,迈克尔B。
说明: DNA序列中调控基序的监督检测。转录因子结合位点(调控基序)的识别是当代生物学的一个主要研究方向。我们提出了一种新的基于似然法的DNA序列结构模体识别方法。常用的方法(如MEME、Gibbs-motif采样器)将结合位点建模为由位置权重矩阵(PWM)描述的序列族,并在简单的多项式混合模型下识别最大化观测序列数据可能性的PWM。该模型假设PWM的位置对应于具有四个单元概率的独立多项式分布。我们致力于利用蛋白质-DNA相互作用的结构特征来监督DNA结合位点的搜索。我们将简单的多项式混合模型推广到一个约束多项式混合模型,通过加入对信息内容轮廓或模体PWMs特定参数的约束。采用非线性约束优化方法,用极大似然法对扩展模型的参数进行估计。基于似然的交叉验证用于选择模型参数,如模体宽度和约束类型。将COMODE与现有的motif检测方法在结合酿酒酵母真实motif实例的模拟数据上的性能进行了比较。当感兴趣的模体在数据中表现为弱信号时,该方法特别有效。Lee等人(2002)的一些转录因子结合数据也使用COMODE进行了分析,并确定了生物学验证的位点。
主页: https://biostats.bepress.com/cgi/viewcontent.cgi?article=1072&context=ucbbiostat
依赖项: C
相关软件: 平铺图;逻辑寄存器;零件;R;生物探险家;抱怨
参考文献: 3出版物

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