氧化铝

AL2CO:蛋白质序列比对中位置守恒的计算。结果:我们开发了一个程序,用多种方法计算多序列比对中每个位置的守恒指数。也就是说,估计每个位置的氨基酸频率,并根据这些频率计算保存指数。我们使用了两种不同策略的未加权频率和加权频率。该算法实现了三种概念上不同的方法(基于熵、基于方差和基于矩阵得分)来定义守恒指数。从智能数据库计算284条线路35522个位置的保护指数表明,不同方法得到的保护指数高度相关(相关系数大于0.85)。保护指数显示顺序相邻位置i和i+j之间存在显著的相关性⁠, 式中j<13⁠, 三个位置窗口上的指数平均值是模体检测的最佳方法。有间隙的位置显示的守恒特性要低得多。我们比较了智能线形或FSSP结构线形和ClustalW线形的守恒特性。研究结果表明,保护性指数可作为线形质量评价的一个有价值的工具,并可作为多个线形细化的目标函数。

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  1. 哈亚特,西坎德;永基公园;Helms,Volkhard:跨膜β桶残留物的统计分析和暴露状态分类(2011)
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  3. 王,阿德里安X。;鲁佐,沃尔特L。;Tompa,Martin:ncrna在全基因组多重比对中的精确性如何(2007年)ioport公司