MCODE公司

在大型蛋白质相互作用网络中寻找分子复合物的自动化方法。结果：本文描述了一种新的图论聚类算法“分子复合物检测”（MCODE），它可以检测大分子蛋白质相互作用网络中可能代表分子复合物的密集连接区域。该方法基于局部邻域密度的顶点加权和从局部稠密种子蛋白向外遍历的方法，根据给定的参数分离出稠密区域。与其他图聚类方法相比，该算法具有一种有向模式的优势，该模式允许在不考虑网络其余部分的情况下对感兴趣的簇进行微调，并允许检查与蛋白质网络相关的簇互连性。蛋白质相互作用和复杂信息的酵母酿酒酵母用于评价。结论：仅根据连接性数据，可以发现蛋白质相互作用网络的密集区域，其中许多区域与已知的蛋白质复合物相对应。该算法不受高通量交互技术中已知的高误报率的影响。该程序可从ftp://ftp.mshri.on.ca/pub/BIND/Tools/MCODE获得。

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