莫尔

MOIL:模拟大分子的程序。本文介绍了分子动力学模拟MOIL的计算机程序包。一个灵活的数据结构使研究大分子的电位与琥珀色/光致发光力场一致。提供的参数集包含蛋白质。除了“广泛的”应用,如能源,能量最小化,正常模式,动力学和自由能计算代码也提供了追求不常见的应用。这包括反应路径计算(在凝聚相)、使用平均场方法进行增强采样(LES局部增强采样)以及使用Landau-Zener模型计算曲线交叉。对整个计划进行了简要回顾。对一些模块进行了相当详细的讨论。

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