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MADS公司

swMATH ID: 35537
软件作者: Xing,Y.、Stoilov,P.、Kapur,K.、Han,A.、Jiang,H.、Shen,S.、Black,D.L.、Wong,W.H。
描述: MADS:利用外显子芯片分析差异选择性剪接的一种新的改进方法。我们描述了一种方法,即差异剪接的微阵列分析(MADS),用于从外显子微阵列数据中发现差异选择性剪接。MADS融合了一系列受外显子阵列“探针丰富”设计激励的低水平分析算法,包括背景校正、迭代探针选择和去除序列特异性交叉杂交到非靶转录物。我们使用MADS分析shRNA介导的剪接因子多嘧啶束结合蛋白(PTB)敲除后小鼠神经母细胞瘤细胞系上的Affymetrix Exon 1.0阵列数据。根据一份针对PTB缺失具有预定包含/排除特征的外显子列表,MADS识别出所有已知转录物包含水平发生重大变化的外显子,并提供了对Affymetrix分析程序的改进。我们还发现了许多新的PTB依赖性剪接事件。通过RT-PCR测试了30个新事件,确认了27个。这项工作表明,外显子芯片设计是一种有效和强大的方法,可以对前mRNA剪接进行全局、无偏见的分析。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2491471/
相关软件: aroma.afmetrix公司;生物导体;方差分析;GenXHC公司;R(右);全球气候变化评估;阿菲
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