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磨蚀

swMATH标识: 35343
软件作者: Eitan Yaffe,Dan Fishelovitch,Haim J.Wolfson,Dan Halperin,Ruth Nussinov
说明: 摩尔轴:大分子中通道的有效和准确识别。通道和空腔在大分子功能中起着重要作用,是底物/产物、辅因子和药物结合、催化位点和配体/蛋白质的通路/出口通路。此外,由跨膜蛋白形成的通道充当转运蛋白和离子通道。molasis是一种新的灵敏、快速的识别和分类大分子中各种大小和形状的孔道和空穴的工具。MolAxis构建通道,这些通道代表小分子通过通道的可能路径。分子的外中轴是具有多个最近原子的点的集合。它由二维的表面斑块组成,可以看作是分子补体的骨架。我们在MolAxis中实现了一种新的算法,该算法使用最先进的计算几何技术来近似和扫描外中轴的有用子集,从而降低了问题的维数,从而使算法非常高效。MolAxis被设计用来识别将埋藏的空腔连接到大分子外部的通道,并识别蛋白质中的跨膜通道。我们将摩尔轴应用于酶腔和跨膜蛋白。我们进一步利用MolAxis来监测人类细胞色素P450分子动力学轨迹上的通道尺寸。MolAxis以皮秒时间尺度间隔构建了高质量的快照通道,证实了2e底物通道中的选通机制。我们将我们的结果与以前的工具在准确性、性能和找到所需路径的基本理论保证方面进行比较。MolAxis可以作为一个web服务器和一个独立的易于使用的程序在线提供(http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/MolAxis/).
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2693897/
相关软件: 硬壳;球形代码;三维阿尔法形状;数学软件;CGAL公司
参考文献: 1个出版物

2位作者引用

1 哈珀林,丹
1 耶,艾坦

参考1系列

1 离散与计算几何

按年份引用出版物