嵌套MICA swMATH编号： 35335 软件作者： 穆特卢·多埃尔；托马斯·A·唐；蒂姆·J·哈伯德 描述： 嵌套MICA作为一种从头开始的蛋白质基序发现工具。背景：发现氨基酸序列中的过度表达模式是蛋白质功能元件鉴定的重要步骤。我们改编并扩展了NestedMICA，这是一种最初用于寻找转录结合位点基序的从头算基序查找器，用于查找短蛋白质信号，并将其性能与另一种流行的蛋白质基序查找工具MEME进行了比较。NestedMICA是一个用Java编写的开源蛋白质模体发现工具，它由一种称为Nested Sampling的Monte Carlo技术驱动。它使用多类序列背景模型来表示不包含感兴趣主题的序列的不同“无趣”部分。为了评估NestedMICA作为蛋白质模体发现者的作用，我们在合成数据集上对其进行了测试，这些数据集是通过将已知模体的实例添加到随机选择的一组蛋白质序列中而生成的。NestedMICA也使用生物验证测试集进行了测试，我们评估了其在不同序列长度下的性能。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2267705/ 相关软件： TRANSFAC公司;JASPAR公司;播种机;FISim公司;印章;随机森林;R（右）;收益率;Pfam公司;TEIRESIAS公司;多位置;InterProScan公司;PROSITE公司;ELM公司;Cd命中 引用于： 1文件 2位作者引用 1 罗家伟 1 王婷 连载1篇 1 理论生物学杂志 在2个字段中引用 1 计算机科学（68至XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文