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网络

swMATH ID: 35331
软件作者: 尼古拉·赞博尼(Nicola Zamboni)、安妮·库梅尔(Anne Kümmel)、马蒂亚斯·海尼曼(Matthias Heinemann)
描述: anNET:定量代谢组数据的网络化热力学分析工具。结果:我们在Matlab中开发了一个名为“anNET”的通用软件,该软件为NET分析算法提供了用户友好的实现。anNET支持对任何可以编译化学计量模型的代谢网络进行分析。模型的大小可以从单个反应到包括隔室在内的全基因组网络重建。anNET可以(i)测试定量数据集的热力学一致性,(ii)预测实际测量数据以外的代谢物浓度,(iii)确定代谢反应网络中活性调节的假定位置,以及(iv)帮助定位被发现热力学不可行的数据集中的错误。我们用三个已发布的大肠杆菌代谢组数据集演示了anNET的应用。结论:我们在anNET软件中对NET分析方法进行了用户友好的通用实现,使用户可以快速整合从几乎任何生物体中获得的定量代谢组数据。我们设想,在从事定量代谢组学的实验室中使用anNET将为系统生物学和代谢工程社区提供一种证明代谢组数据集质量的方法,以及NET分析方法的所有进一步好处。
主页: https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/101186/1471-2105-9-199
依赖项: Matlab公司
相关软件: 林多;出口;CPLEX公司;COBRA工具箱;生物-SPICE;元工具;牢房设计师;y文件
引用于: 1文件

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