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几维鸟

swMATH ID: 35295
软件作者: 欧比·L·格里菲斯、拜伦·J·高、米哈伊尔·比伦基、尤利娅·普里奇纳、马丁·埃斯特尔、史蒂文·琼斯
描述: KiWi:一种用于基因表达分析的可缩放子空间聚类算法。子空间聚类在基因表达数据分析中越来越受欢迎。在子空间聚类模型中,最近引入的顺序保护子矩阵(OPSM)具有很高的应用前景。OPSM本质上是一个基于模式的子空间簇,是数据矩阵中的行和列的子集,其中所有行都诱导列的相同线性顺序。现有的OPSM发现方法不能很好地扩展到越来越大的表达式数据集。特别是,含有少量基因和大量实验的树枝簇会产生爆炸性的计算成本,并且会被现有方法完全剪除。然而,确定在许多条件下紧密协同调节的小基因组是特别令人感兴趣的。在本文中,我们提出了一种OPSM子空间聚类算法KiWi,该算法可扩展到大规模数据集,能够发现树枝簇并识别负相关和正相关。我们使用相关的生物数据集对KiWi进行了广泛验证,并表明KiWi正确地将冗余探针分配到同一个簇,用常见的临床注释对实验进行分组,区分真正的启动子序列和阴性对照序列,并显示出与顺调控基序预测的良好关联。
主页: https://arxiv.org/abs/0904.1931
相关软件: CPLEX公司
引用于: 1文件

连载1篇

1 运筹学年鉴

按年份列出的引文