×

科米克

swMATH ID: 35270
软件作者: 萨维什·尼库姆;彼得·埃伯特(Peter Ebert);尼科·菲费尔
描述: 并非所有手指都是一样的:使用共形多实例内核在区分设置中处理可变长度序列。用于比较基因组序列的大多数字符串核通常与使用单个序列中特征的(绝对)位置信息有关。这在使用此类字符串内核比较可变长度序列时带来了限制。例如,通过基于3C的实验对染色质相互作用进行分析,得到可变长度的基因组序列(限制性片段)。在这里,序列中信号的准确位置发生可能不如分析启动子序列那样重要,启动子序列通常具有转录起始位点作为参考。现有的位置感知字符串内核已被证明对后一种情况有用。par在这项工作中,我们提出了一种新的序列比较方法,该方法比大多数现有方法具有更大的位置自由度,可以在比较可变长度序列时识别可能分散的特征集,并且可以处理上述两种情况。我们的方法CoMIK不仅确定了对分类有用的特征,而且还确定了它们在可变长度序列中的位置,三个二进制分类实验的结果证明了这一点,并辅以最近引入的可视化技术。此外,我们还表明,对于多个多实例核的复杂设置,我们能够有效地检索和解释权重向量。
主页: https://drops.dagstuhl.de/opus/volltexte/2017/7645/
源代码:  https://github.molgen.mpg.de/snikumbh/comik网址
关键词: 多实例学习;共形MI核;5摄氏度;不同的无酒精饮料品牌
相关软件: 基姆
引用于: 1文件

0连载引用

按年份列出的引文