克里克

CLIIQ:对群体中表达的亚型进行精确的比较检测和量化。最近开发的RNA-Seq技术为分析组织转录组提供了一种高通量和相当精确的方法。不幸的是,从计算的角度来看,从RNA序列数据中识别和量化基因的异构体仍然是一个不小的问题。我们提出了CLIIQ,一种新的计算方法,用于从一个群体的多个样本中识别和量化表达的异构体。受压缩传感文献的启发,CLIIQ基于整数线性规划公式,用于识别和量化“最节省”的亚型集。我们通过模拟显示,在单个样本上,CLIIQ在识别和量化异构体方面比其他流行工具提供了更好的结果。更重要的是,CLIIQ可以选择联合分析多个样本,这在异构体识别和量化方面明显优于其他工具。

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zbMATH中的参考文献(参考文献2条)

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  1. 李,魏薇薇;赵安琪;张世华;Li,Jingyi Jessica:MSIQ:多个RNA序列样本的联合建模,用于精确的亚型定量(2018)
  2. 林彦仪;道,丰;哈奇,法拉兹;巴赫希,马尔齐;莫,范;安娜,拉普克;柯林斯,科林;Sahinalp,S.Cenk:CLIIQ:人群中表达异构体的精确比较检测和量化(2012年)ioport公司