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SGNS2号机组

swMATH ID: 34966
软件作者: Lloyd-Price,J.、Gupta,A.、Ribeiro,A.S。
描述: SGNS2:用于动态细胞群的分区随机化学动力学模拟器。动机:细胞生长和分裂影响细胞内部过程的动力学和细胞群的表型多样性。由于影响是复杂的,例如不同的细胞成分在细胞分裂中被不同地分割,为了在硅片中解释这些影响,需要非常详细地模拟这些过程。结果:我们提出了SGNS2,这是一个根据随机模拟算法设计的化学反应系统模拟器,它在可在运行时创建、销毁和划分的层次化、互连分区内具有多个延迟反应。在分裂过程中,分子按照特定的分布随机分离到子细胞中,该分布对应于多个分配方案中的一个,适用于每分子类型。我们用六个模型举例说明了它的使用,其中包括大肠杆菌中多余蛋白质聚集体处置机制的随机模型、具有不同同步水平的种群表型多样性模型、,噬菌体感染细胞群的模型和核苷酸和密码子水平的原核基因表达模型。可用性:SGNS2、说明和示例,请访问www.cs.tut.fi/loydpri/SGNS2/(新BSD许可下的开源)。
主页: https://academic.oup.com/bioinformatics/article/28/22/3004/241836
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引用于: 2文件

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