蝙蝠侠

蝙蝠侠-一个R包,用于自动定量从核磁共振波谱使用贝叶斯模型。动机:核磁共振波谱广泛应用于代谢组学,以获得复杂生物混合物中的代谢物分布。用于分配和估计代谢物浓度的常用方法包括专家手动峰拟合或额外的预处理步骤,如峰对齐和装箱。峰值拟合非常耗时,而且容易出现人为错误。Artening可以引入生物模型的直接解释和限制。结果:我们提出了Bayesian全自动核磁共振谱分析仪(BATMAN),这是一个R软件包,它可以从一维核磁共振谱中反褶积峰,自动将其分配到目标列表中的特定代谢物,并获得浓度估计值。贝叶斯模型结合了代谢产物特征峰型的信息,能够解释生物样品核磁共振谱中常见的峰位偏移。它应用马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)算法对模型参数的联合后验分布进行采样,得到的浓度估计值与传统的数值积分相比误差较小,与经验丰富的光谱学家手工反褶积相比具有可比性

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  1. 叶立峰;贝斯科斯,亚历山德罗斯;德奥里奥,玛丽亚;郝洁:蒙特卡罗坐标上升变分推断(2020)