比较

比较:比较巨大的基因组实验。背景:目前,宏基因组样本分析主要是通过与数据库中存储的先验知识进行比较来实现的。虽然这种方法很强大,但却不允许开发未知和/或“不可培养”的物种,例如,估计99%的物种用于细菌。方法:这项工作介绍了Compareads,这是一种全新的比较元基因组方法,它返回由高通量测序器生成的两个可能的元基因组数据集之间相似的读数。它处理海量数据的能力就在于它的独创性。本文提出的第二个主要贡献是设计了一种基于Bloom过滤器的概率数据结构,能够在有限的内存占用和受控的错误率的情况下索引数百万次读取。结果:我们发现Compareads能够检索生物信息,同时能够扩展到巨大的数据集。它的时间和内存特性使得Compareads可以在数小时内完成1亿次Illumina读取,并消耗4GB内存,因此可以在今天的个人电脑上使用。

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