菲奥娜 swMATH ID: 34360 软件作者： Schulz，M.H.、Weese，D.、Holtgrewe，M.、Dimitrova，V.、Niu，S.、Reinert，K.、Richard，H。 描述： Fiona：一种并行的自动纠错策略。结果：我们提出了一种新的独立阅读错误纠正方法Fiona。Fiona为测序错误检测和最佳错误纠正提供了一种新的统计方法，并自动估计其参数。Fiona能够纠正替换、插入和删除错误，并可应用于任何测序技术。它使用部分后缀数组的有效实现来并行检测不同种子长度的读取重叠。我们在不同读取长度的多种生物体的几个真实数据集上测试了Fiona，并将其性能与最先进的方法进行了比较。Fiona在454和Ion Torrent测序仪的广泛数据集上显示出持续更高的校正精度，而不会影响速度。结论：Fiona是一种准确的无参数读取错误校正方法，可以在廉价硬件上运行，并且可以随时使用多核并行。Fiona是使用SeqAn库进行序列分析实现的，可从以下网址下载http://www.seqan.de/projects/fiona。 主页： https://academic.oup.com/bioinformatics/article/30/17/i356/199558 源代码： https://github.com/seqan/seqan/tree/master/apps/fiona 相关软件： BWA公司;发抖;SHREC公司;爬行动物;HiTEC公司;仪表;ALLPATHS公司;MetAMOS公司;绿洲;SPAdes系列;BLAT（爆炸）;斯特拉;微型剃须刀S;SeqAn公司;巴特里西亚;Samtools公司 引用于： 3文件 5位作者引用 2 马塞尔·舒尔茨。 2 大卫·威斯 1 巴·约瑟夫（Bar-Joseph，Ziv） 1 理查德·雨果斯 1 恩里科·西拉古萨 0连载引用 在2个字段中引用 2 计算机科学（68至XX） 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文