bammds公司

bammds:一个使用多维标度(MDS)评估低深度全基因组数据祖先的工具。我们提出了bammds,一个实用的工具,当使用多维标度算法与一组参考个体(通常是基因型)进行比较时,它允许可视化通过第二代测序排序的样本。我们的工具旨在确定未知样本的祖先,这些样本是古代DNA数据的典型代表,尤其是当这些样本只有少量数据可用时。可用性和实现:该软件包在GNU通用公共许可证v3下可用,并与测试数据集一起免费提供https://savannah.nongu.org/projects/bammds/。它正在使用R(项目http://www.r.org/),平行(http://www.gnu.org/software/parallel/),samtools公司(https://github.com/samtools/samtools).

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