FastMotif公司

光谱序列模体发现。结果:我们提出了一种新的基序发现算法FastMotif,它是建立在一种称为矩方法的最新机器学习技术的基础上的。基于谱分解,我们的方法对模型错误具有鲁棒性,并且不易出现局部最优解。我们得到了一个非常快速的算法,并设计用于分析大的测序数据。在HT-Selex数据上,FastMotif提取的motif轮廓与各种最先进算法计算的匹配,但速度快一个数量级。我们对算法的鲁棒性进行了理论和数值分析,并讨论了其对自由参数的敏感性。可用性和实现:FastMotif的Matlab代码可从http://lcsb-portal.uni.lu/bioinformatics获得。

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