德尔菲卡

DelPhiPKa网络服务器:预测蛋白质、rna和dna的pKa。摘要:发布了一个新的pKa预测web服务器,实现了DelPhi高斯介电函数计算生物分子电荷产生的静电势。拓扑参数被扩展到包含RNA和DNA的核苷酸的原子信息,从而将pKa计算的能力扩展到蛋白质之外。web服务器允许最终用户根据计算的pKa值在特定pH值下对生物分子进行质子化,并提供PQR格式的可下载文件。为了测试协议的准确性和速度,我们进行了一些测试。实现:web服务器遵循基于PHP和HTML的客户机-服务器体系结构,并利用DelPhiPKa程序。计算在Palmetto超级计算机集群上进行,结果/下载链接通过http协议返回给最终用户。web服务器利用了DelPhiPKa中的MPI并行实现,可以在最多24个cpu上运行单个作业。可用性和实现:DelPhiPKa web服务器位于http://compbio.clemson.edu/pka_网络服务器。