mi血统 swMATH编号： 34213 软件作者： Tang，Z.，Chen，G.，Alekseyenko，A.V.，Li，H。 描述： R包miLineage：分类树上微生物群落关联分析的一般框架。动机：微生物组分组成与疾病相关结果的关联分析为理解微生物在潜在疾病机制中的作用提供了宝贵的知识。正确分析稀疏的微生物组分数据具有挑战性。现有的方法依赖于对数据结构的强烈假设，无法精确定位相关的微生物群落。结果：我们开发了一个通用框架来：（i）对表现出任意时间依赖性的微生物群落进行稳健的关联测试；（ii）在分类树上定位与协变量相关的谱系（例如疾病状态）；以及（iii）评估整个微生物群落与协变量的总体关联。与现有的微生物组关联分析方法不同，我们的框架没有对微生物组数据进行任何分布假设；它允许调整混杂变量，并容纳过多的零观测值；它包含了分类信息。我们在广泛的场景下进行了广泛的仿真研究，以评估新方法，并证明与现有方法相比，该方法具有显著的功率增益。通过两项微生物组学研究的实际数据集进一步证明了该框架的优势。相关的R包miLineage是公开的。可用性和实施：miLineage软件包、手册和教程位于https://medschool.vanderbilt.edu/tang-lab/software/miLineage。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5408811/ 源代码： https://github.com/cran/miLineage网站 依赖项： R（右） 相关软件： 结构SSI;PhyloScan扫描;古巴 引用于： 3文件 全部的 前5名被9位作者引用 1 Kent M.Eskridge。 1 郝晓娟 1 胡一娟 1 李云霄 1 马，李 1 Dan L.尼古拉。 1 格伦·A·萨滕。 1 唐云凡 1 王栋（Wang，Dong） 3篇连载文章中引用 1 美国统计协会杂志 1 应用统计学杂志 1 应用统计学年鉴 在1个字段中引用 3 统计学（62-XX） 按年份列出的引文