L-格拉尔

基于拉格朗日图的网络校准器。结果:我们介绍了一种新的全局网络对齐工具,基于拉格朗日图的对齐器(L-GRAAL),它使用了一种基于整数规划和拉格朗日松弛的对齐搜索启发式算法,直接优化了蛋白质和交互作用函数的保守性。我们将L-GRAAL与BioGRID最大可用PPI网络上最先进的网络对准器进行比较,发现L-GRAAL发现了网络之间最大的公共子图,通过边缘正确性和对称子结构得分来衡量,这允许跨网络传输更多的功能信息。我们利用基因本体注释的语义相似性来评估蛋白质映射的生物学性质,并观察到L-GRAAL最能揭示功能保守的蛋白质。此外,我们还首次引入了映射交互的语义相似性度量,并证明了L-GRAAL还发现了功能守恒的最佳交互。此外,我们在面包酵母和人类的PPI网络上说明了L-GRAAL预测新PPI的能力。最后,L-GRAAL的结果首次表明拓扑信息比序列信息对于揭示功能守恒的相互作用更为重要。可用性和实现:L-GRAAL是用C++编写的。软件可从以下网址获得:http://bio nets.doc.ic.ac.uk/L-GRAAL/。

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