阿利尼莫

AlignNemo:一种结合同调和拓扑的局部网络对齐方法。局部网络比对是蛋白质相互作用网络分析的一个重要组成部分,它有助于识别进化相关复合物。我们提出了一种新的算法AlignNemo,它在给定两个生物体的网络的情况下,揭示与生物功能和相互作用拓扑相关的蛋白质子网络。所发现的保守子网络具有一般的拓扑结构,不需要对应于特定的相互作用模式,因此它们更接近于文献中提出的功能复合体模型。该算法能够处理稀疏的相互作用数据,每一步都可以探索与当前解决方案直接相互作用的蛋白质之外的网络的局部拓扑结构。为了评估AlignNemo的性能,我们使用统计方法和生物学知识运行了一系列基准测试。基于蛋白质复合物的参考数据集,AlignNemo在精确度和召回率方面均优于其他方法。我们将语义相似性的概念应用于基因本体词汇表,以证明我们的解决方案在生物学上是正确的。AlignNemo的二进制文件以及有关算法和实验的补充详细信息,请访问:sourceforge.net/p/AlignNemo。