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AlignNemo(对齐Nemo)

swMATH ID: 34159
软件作者: 乔瓦尼·西列洛;马可·米纳;彼得罗·古齐(Pietro H.Guzzi);马里奥·卡纳塔罗;康塞蒂娜·格拉
描述: AlignNemo:一种集成同调和拓扑的本地网络对齐方法。局部网络比对是蛋白质相互作用网络分析的一个重要组成部分,可用于识别进化相关复合物。我们提出了AlignNemo,这是一种新的算法,考虑到两个生物体的网络,它可以揭示与生物功能和相互作用拓扑相关的蛋白质子网络。发现的保守子网络具有一般拓扑结构,不需要对应特定的交互模式,因此它们更符合文献中提出的功能复合体模型。该算法能够通过一个扩展过程处理稀疏的交互数据,该扩展过程在每一步探索直接与当前解决方案交互的蛋白质以外的网络的局部拓扑。为了评估AlignNemo的性能,我们使用统计方法和生物学知识运行了一系列基准测试。基于蛋白质复合物的参考数据集,AlignNemo在精确度和召回率方面均优于其他方法。我们通过将语义相似性的概念应用于基因本体词汇表,证明我们的解决方案在生物学上是合理的。AlignNemo的二进制文件以及有关算法和实验的补充详细信息,请访问:sourceforge.net/p/AlignNemo。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3373574/
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