NetCoffee公司 swMATH ID: 34151 软件作者： 胡嘉璐；伯特·凯尔；克努特·赖讷特 说明： NetCoffee：一种快速准确的全球比对方法，用于识别多个网络中功能保守的蛋白质。动机：由于高通量技术的最新进展，越来越多物种的蛋白质-蛋白质相互作用网络在公共数据库中可用。如何识别跨物种的功能保守蛋白质的问题在计算生物学中引起了很多关注。网络对齐提供了解决此问题的系统方法。然而，大多数现有对齐工具在解决此问题时都会遇到限制。因此，对更快、更高效的校准工具的需求正在增长。结果：我们提出了一种快速准确的算法NetCoffee，它可以找到多个蛋白质相互作用网络的全局对齐。NetCoffee通过在一组加权二分图上使用模拟退火最大化目标函数来搜索全局对齐，这些加权二分图是使用类似于T-Coffee的三元组方法构建的。为了评估其性能，NetCoffee被应用于四个实际数据集。我们的结果表明，NetCoffee弥补了以前算法的一些局限性，在速度方面优于所有现有的对齐工具，但仍能识别出具有生物学意义的对齐。可用性：源代码和数据在GNU GPL v3许可下可免费下载，网址为https://code.google.com/p/netcoffee/。 主页： https://academic.oup.com/bioinformatics/article/30/4/540/204711 相关软件： 斯梅塔纳;等秩N;IsoRank公司;纳塔利 引用于： 1文件 3位作者引用 1 桑杰·查拉 1 阿里斯蒂德斯·吉奥尼斯 1 埃里克·马尔米 连载1篇 1 数据挖掘与知识发现 在1个字段中引用 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文