PrimAlign（基本对齐） swMATH ID: 34148 软件作者： 卡雷尔·卡莱基；Young-Rae Cho（杨瑞秋） 描述： PrimAlign：针对大型生物网络的PageRank启发的马尔科夫对齐。动机：大规模蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络的跨谱分析在理解细胞组织和功能进化的原理方面发挥了重要作用。最近，人们提出了网络对齐算法来预测蛋白质的保守相互作用和功能。这些方法基于这样一个概念，即跨物种的同源蛋白质序列相似，并且同源蛋白质之间的PPI拓扑结构通常是保守的。然而，网络对齐的高精度和可扩展性仍然是一个挑战。结果：我们提出了一种新的成对全局网络对齐算法PrimAlign，该算法被建模为马尔可夫链并迭代过渡到收敛。该算法还结合了PageRank的原理。这种方法是在人类、酵母和果蝇PPI网络的任务中进行评估的。实验结果表明，PrimAlign优于几种流行的方法，在多个评估指标上存在显著差异。PrimAlign是一种多平台，其线性渐近时间复杂度在运行时实现了卓越的性能。对合成网络进行了进一步评估，结果表明，常用的拓扑测量并不能反映实际的对准精度。可用性和实现：源代码位于http://web.ecs.baylor.edu/faculty/cho/PrimAlign。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6022567/ 相关软件： L-格雷尔；IsoRankN公司；IsoRank公司；幽灵 引用于： 2文件 全部的 前5名8位作者引用 1 朱利奥·罗兰多·弗洛雷斯 1 埃丝特·加西亚·冈萨雷斯 1 大卫·F·格莱奇（David F.Gleich）。 1 Ananth Y.格拉玛。 1 乔治奥斯·科利亚斯 1 胡达州纳赛尔 1 弗朗西斯科·佩德罗什 1 浪漫，米格尔 2篇连载文章中引用 1 SIAM科学计算杂志 1 混乱 在5个字段中引用 2 组合数学（05-XX） 1 线性代数和多线性代数；矩阵理论（15-XX） 1 计算机科学（68至XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 1 博弈论、经济学、金融和其他社会和行为科学（91-XX） 按年份列出的引文