胡椒粉

peppercornenumerator:这是一个用于域级链位移(DSD)系统分析的包。安装之后,您应该能够执行peppercorn和pilsimulator脚本。反应枚举器Peppercorn读取包含最初存在的域级复合物的文件,并返回所有可能的反应和产物。Peppercorn支持任意非假结结构和以下域级反应:绑定、开放、近端3向和4向分支迁移、远程3向和4向分支迁移。关于反应语义学的更多背景,我们参考Badelt等人(2020)。给定初始物种浓度的规范,仿真软件Pilsimulator可以读取胡椒玉米的产量,并随着时间的推移模拟预期的物种浓度。或者,您可以将结果导出为SBML格式,以便在您喜欢的模拟器中进行分析。注意反应速率假设是DNA分子!

zbMATH中的参考文献(参考 1文章 参考)

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  1. Thachuk,Chris;Winfree,Erik;Soloveichik,David:无泄漏DNA链置换系统(2015)