RedMD公司 swMATH ID: 32713 软件作者： Górecki Adam；Szypowski，Marcin；Dlugosz、Maciej；乔安娜·特里斯卡 描述： RedMD-简化分子动力学软件包。我们开发了一个软件包（RedMD），用于对蛋白质、核酸及其复合物的简化模型进行分子动力学模拟和正常模式分析。使用RedMD，可以在微正则系综中使用Berendsen和Langevin恒温器以及Brownian动力学进行分子动力学模拟。我们提供了基于每残基/核苷酸一珠弹性网络模型及其扩展的力场和拓扑生成器。用户可以使用传递给生成器的命令行选项更改力场参数。此外，发电机可以被修改，例如，以添加新的势能函数。正规模式分析工具可用于弹性或各向异性网络模型。该程序用C和C++语言编写，分子的结构/拓扑基于XML格式。共享内存体系结构的OpenMP技术用于代码并行化。该代码根据GNU公共许可证分发，可在以下网址获得：http://bionano.icm.edu.pl/software/。 主页： https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/jcc.21223 相关软件： 引用于： 0个文档