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乌西加西

swMATH标识: 32598
软件作者: 蔡雪夫、乔安娜加达、斯隆、雷瑞斯、周廷春、沈慧卿
说明: usigaci:机器学习支持的无染色相衬显微镜中的实例感知细胞跟踪。无染色、单细胞分割和跟踪无异于显微细胞迁移分析的圣杯。众所周知,高密度细胞的相衬显微镜(PCM)图像难以准确分割;因此,手动分割仍然是事实上的标准做法。在这项工作中,我们介绍了usigaci,一个一体化的,半自动化的流水线,用于分割、跟踪和可视化细胞运动和形态变化。使用掩模区域卷积神经网络(mask R-CNN)实现无污点、实例感知的分割。基于Trackpy的细胞跟踪器具有图形用户界面,可用于细胞跟踪和数据验证。用NIH/3T3成纤维细胞电轴法验证usigaci的性能。usigaci为定量细胞迁移分析提供了高精度的细胞运动和形态学信息。
主页: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352711018301882
关键词: 相衬显微术;实例感知分段;机器学习;卷积神经网络;无染色细胞追踪;单细胞迁移;软件X
相关软件: PyQt公司;海生的;Matplotlib库;scikit图像;雾岸;库达;神经质的;熊猫;轨迹;皮克图;蟒蛇;煤油;张量流;MS-COCO公司
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