PolyLinkR公司 swMATH ID: 32502 软件作者： Raymond Tobler、Angad Johar、Christian Huber、Yassine Souilmi 描述： PolyLinkR是一个执行基于基因的途径富集的R包，如果软件与选择信号证据一起使用，也可以将其用作多基因选择的证据。该软件包还明确说明了属于同一途径的相邻位点之间的连锁不平衡。PolyLinkR引入了流行的多基因选择工具PolySel的几个改进和更快的实现，该工具基于PolySel中使用的核心文件类型和摘要统计数据。PolyLinkR和PolySel之间的关键区别在于用于生成路径分数零分布的算法。PolySel执行标准置换，将基因得分重新映射到基因，而PolyLinkR使用置换算法，将所有染色体/连续染色体随机链接到单个“环形”基因组中，然后旋转该环形基因组，在基因和基因得分之间创建一个独特的映射。重要的是，这种随机化过程保留了整个基因组中基因之间的固有连锁结构，限制了可能出现的潜在假阳性的数量。 主页： https://arxiv.org/abs/2004.03224 源代码： https://github.com/ACAD-UA/PolyLinkR 依赖项： R（右） 关键词： R（右）；R包；基因集分析；GO浓缩；基因组学；arXiv_q-bio.GN；arXiv_q-bio.QM 相关软件： KEGG公司；生物反应器；R（右） 引用于： 0个文档 标准条款 1出版物描述软件 年份 PolyLinkR：一个链接敏感的基因集富集R包arXiv公司Raymond Tobler、Angad Johar、Christian Huber、Yassine Souilmi 2020