TreeClone（树克隆） swMATH ID: 30711 软件作者： 周天健；Sengupta，Subhajit；缪勒，彼得；季、袁 描述： TreeClone：利用下一代测序数据基于突变对重建肿瘤亚克隆系统发育。我们提出TreeClone，一种潜在特征分配模型，用于根据模拟肿瘤进化的系统发育进化重建肿瘤亚克隆。与大多数当前方法类似，我们考虑下一代肿瘤DNA测序的数据。与大多数使用映射到单核苷酸变体（SNV）的短读信息的方法不同，我们考虑使用可由相同短读映射的两对近端SNV进行亚克隆系统发育重建。作为贝叶斯推理模型的一部分，我们构建了一个系统发育树先验。先验树结构的使用大大加强了推理。只有可以用系统发育树解释的亚克隆才被赋予不可忽略的概率。提出的贝叶斯框架揭示了亚克隆数量、基因型、细胞比例和推断亚克隆跨越的系统发育树的后验分布。使用单个和多个肿瘤样本对不同的模拟数据集和真实数据集验证了该方法。url上提供了一个开源软件包{http://www.compgenome.org/treeclone网站}. 主页： http://www.compgenome.org/treeclone网站/ 关键词： 潜在特征模型；突变对；NGS数据；系统发育树；子克隆；肿瘤异质性；贝叶斯推断 相关软件： PyClone（密码克隆）；PhyloWGS系统；成对克隆；BWA公司；SciClone（科学克隆）；github；THetA公司；间隔计数；贝叶斯DA；R（右）；纯度估算；PurBayes公司；关贸总公司 引用于： 3文件 标准条款 1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份 TreeClone：利用下一代测序数据基于突变对重建肿瘤亚克隆系统发育。 兹比尔1423.62155周天健；苏巴吉特·森古普塔；彼得·米勒；季、袁 2019 全部的 前5名8位作者引用 2 季、袁 2 彼得·米勒 2 苏巴吉特·森古普塔 2 周天健 1 帕特里克·弗莱赫蒂 1 他，Shai 1 维沙尔·萨萨尼 1 亚伦·舍恩 连载1篇 三 应用统计学年鉴 在2个字段中引用 三 统计学（62-XX） 三 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文