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CGMIM公司

swMATH ID: 30050
软件作者: 巴季克,C.D。;Kuo,B。;Rusaw,S。;琼斯,S。;布鲁克斯·威尔逊,A。
说明: CGMIM:在线孟德尔人类遗传(OMIM)的自动文本识别,以确定遗传相关癌症和候选基因。背景:在线孟德尔人类遗传(OMIM)是一个基于科学文献中报告的信息的计算机化人类基因和可遗传性状信息数据库。我们的目标是为OMIM建立一个自动文本识别系统,该系统将识别与遗传相关的癌症和癌症相关的基因。我们开发了计算机程序CGMIM来搜索OMIM中与一种或多种癌症类型相关的条目。我们对OMIM进行了手动搜索,以验证程序结果。结果:在2004年9月30日的OMIM数据库中,CGMIM识别出1943个与癌症相关的基因。BRCA2(OMIM*164757)、BRAF(OMIM*164757)和CDKN2A(OMIM*600160)分别与14种癌症相关。其中45个基因与食管癌相关,121个基因与胃癌相关,21个基因与两者相关。对CGMIM结果的分析表明,OMIM中少于三个基因条目应同时提及这两个基因,而7倍以上的差异表明食道癌和胃癌的基因相关性比当前文献所建议的更大。结论:CGMIM可识别基因相关癌症和癌症相关基因。在几个方面,具有共同遗传病因的癌症预计将导致进一步的病因假设和有关环境因素的进展。CGMIM的结果每月发布一次,源代码可以从BC癌症研究中心网站免费获得http://www.bccrc.ca/ccr/CGMIM。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1274267/
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