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箭头图

swMATH标识: 30012
软件作者: 西尔瓦·福特斯,C。;土库曼,M。;苏萨,L。
说明: 箭头图:一种新的图形工具,用于选择上调和下调的基因和样本亚群上差异表达的基因。背景:分析微阵列数据的一个常见任务是确定哪些基因在两种(或更多)组织样本或在实验条件下提交的样本中有差异表达。为了实现这一目标,人们提出了几种统计方法,通常基于类间距离的度量。众所周知,由于分子亚型或遗传背景等因素,生物样品是异质的,而这些因素往往是实验人员所不知道的。例如,在涉及肿瘤分子分类的实验中,确定重要的癌症亚型是很重要的。双峰或多峰分布通常反映了亚样本混合物的存在。因此,如果使用常规的统计方法,可能会有一些基因在样本子群上差异表达而被遗漏。在本文中,我们提出了一种新的图形化工具,它不仅可以识别具有上下调节的基因,而且可以识别不同亚类中差异表达的基因,如果使用当前的统计方法,这些基因通常会被遗漏。该工具基于两个样本之间距离的测量,即两个密度之间的重叠系数(OVL)和接收器工作特性(ROC)曲线下的面积。本文提出的方法是在开源R软件中实现的。
主页: https://bmcbioinformatic.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-13-147
依赖项: R
相关软件: 引导;核平滑
引用于: 1个出版物

2位作者引用

1 田丽丽
1 王,丹

引用于1个系列

1 计算统计与数据分析

1个领域引用

1 统计学(62-XX)

按年份列出的引文