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BicNET公司

swMATH ID: 29989
软件作者: Henriques,R。;南卡罗来纳州马德拉
说明: BicNET:使用双聚类在大规模生物网络中进行灵活的模块发现。方法:本研究提出了双聚类networks(BicNET),这是一种双聚类算法,用于发现加权生物网络中非平凡但相干的模块,具有更高的效率。提供了三项主要捐款。首先,我们激发了发现由常数、对称、格子和顺序保持双聚类模型给出的网络模块的相关性。其次,我们提出了一种算法来发现这些模块,并稳健地处理有噪声和缺失的交互。最后,我们通过有效地探索网络数据固有的结构稀疏性,提供新的搜索来解决时间和内存瓶颈。结果:合成网络数据的结果证实了BicNET的可靠性、效率和优越性。BicNET在酵母、大肠杆菌和人类的蛋白质相互作用和基因相互作用网络中的应用揭示了具有更高生物学意义的新模块。结论:据我们所知,BicNET是第一种能够对大规模网络数据进行有效的无监督分析,以发现具有参数化同质性的相干模块的方法。
主页: https://almob.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13015-016-0074-8
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1 统计学(62-XX)

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