MotifClick（鼠标点击） swMATH ID: 29728 软件作者： Zhang S、Li S、Niu M、Pham PT、Su Z 描述： MotifClick：通过合并团预测顺调控结合位点。背景：尽管已经开发了数十种算法和工具，以使用各种方法在一组基因间序列中找到一组称为基序的顺调控结合位点，但这些工具大多侧重于识别与其背景序列显著不同的结合位点。然而，一些基序可能具有与其背景序列相似的核苷酸分布。因此，这些工具可能会遗漏这种结合位点。结果：在这里，我们提出了一种基于图形的多项式时间算法MotifClick，用于预测顺调控结合位点，特别是那些核苷酸分布与其背景序列相似的位点。为了找到长度为k的结合位点，我们使用输入序列中的一些2（k-1）-聚体作为顶点来构建图，并且如果两个2（k-1）-聚体之间的局部无间隙排列的最大匹配数大于截止值，则通过边连接两个顶点。我们将一个基序识别为来自与一些顶点相关联的最大团合并组的一组相似的k-mer。结论：在原核生物和真核生物的合成和实际数据集上进行评估时，MotifClick在预测准确性以及平衡预测敏感性和特异性方面优于现有的主要模体发现工具。特别是，当结合位点的核苷酸分布与其背景序列相似时，MotifClick比其他工具更有可能识别结合位点。 主页： https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/101186/1471-2105-12-238 相关软件： MAVisto公司;算法97;PAML公司;ACME公司;ClustalW公司;国防部;MultiPhyl公司;路径BLAST;格雷姆林;卡沃什;NeMoFinder公司;巴拉圭人;基因智慧;ParaMEME公司;普鲁斯塔尔;路透社;ArrayExpress公司;GenBank（基因银行）;FANMOD公司;算法457 引用于： 1文件 1位作者引用 1 卡罕·埃尔西耶斯 连载1篇 1 计算生物学 在3个字段中引用 1 组合数学（05-XX） 1 计算机科学（68至XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文