极致 swMATH ID: 29727 软件作者： Sahli M、Mansour E、Kalnis P 描述： ACME：一个可扩展的并行系统，用于从很长的序列中提取频繁模式。现代应用，包括生物信息学、时间序列和网络日志分析，需要从一个很长（即数GB）的序列中提取称为基序的频繁模式。现有的方法要么是容易出错的启发式方法，要么是速度极慢的精确（也称为组合）方法，因此只适用于非常小的序列（即兆字节级）。本文介绍了ACME，这是一种可扩展到千兆字节长序列的组合方法，也是第一个支持超最大基序的方法。ACME是一个多功能并行系统，可以部署在桌面多核系统上，也可以部署在云中数千个CPU上。然而，由于相关的开销，仅仅使用更多的计算节点并不能保证效率。为此，ACME引入了一种自动调优机制，建议使用适当数量的CPU，以满足用户在运行时间方面的限制，同时最小化云资源的财务成本。我们的实验表明，与现有技术相比，ACME支持三个数量级更长的序列（例如，整个人类基因组的DNA）；处理大型字母表（例如，维基百科的英文字母表）；在一台超级计算机上扩展到16384个CPU；并支持云中的弹性部署。 主页： https://dl.acm.org/citation.cfm？id=2691549 相关软件： MAVisto公司；算法97；PAML公司；ClustalW公司；国防部；MultiPhyl公司；PathBLAST（路径BLAST）；格雷姆林；卡沃什；NeMoFinder公司；巴拉圭人；基因智慧；MotifClick（鼠标点击）；ParaMEME公司；普鲁斯塔尔；路透社；阵列Express；GenBank（基因银行）；FANMOD公司；算法457 引用于： 1文件 由1位作者引用 1 卡罕·埃尔西耶斯 连载1篇 1 计算生物学 在3个字段中引用 1 组合数学（05-XX） 1 计算机科学（68至XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文