超级气泡 swMATH ID: 29693 软件作者： 费比安·加特纳；彼得·斯塔德勒。 描述： 线性超气泡检测器（LSD）：直接超气泡检测。超级气泡是有向图中的一类诱导子图，在高通量测序数据的组装算法中发挥着重要作用。它们通过一个入口和一个出口顶点与宿主有向图的其余部分相连。枚举超气泡的线性时间算法最近已经可用。当前的方法需要将输入有向图分解为强连接的组件，然后分别对其进行分析。原则上，可以使用单个深度优先搜索，前提是可以保证深度优先搜索（DFS）树的根本身不位于超级气泡的内部或出口点。在这里，我们描述了一个线性时间算法来确定DFS-森林的合适根，该森林保证正确识别有向图中的超气泡。除了更直接的实现的优点外，我们还观察到在实际数据集上的性能提高了近三倍。我们提出了一个新算法的参考实现，该算法接受有向图的许多常用输入格式。它可以从github以开源形式提供。 主页： https://fabianexe.github.io/Superbulle/html/index.html 源代码： https://github.com/Fabianex超级泡泡 关键词： 超气泡；深度优先搜索；循环；线性时间算法 相关软件： NetworkX公司；github；科学Py；SNAP（快照） 引用于： 1文件 标准条款 1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份 直接超气泡检测。 Zbl 1461.68152号费比安·加特纳；彼得·斯塔德勒。 2019 2位作者引用 1 费比安·加特纳 1 彼得·斯塔德勒。 连载1篇 1 算法 在2个字段中引用 1 组合数学（05-XX） 1 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文